Defensa de la Tesis de D. Eugenio Sillero Herrero: 12/1/2016, 11:00 horas, Salón de Grados del Edificio A

Acto de defensa de la Tesis Doctoral: "Design, Technology and Characterization of Micromechanised Sensors and Actuators for Harsh Environments"
Presentada por: D. Eugenio Sillero Herrero
Dirigida por: D. Fernando Calle Gómez
El día 12 de enero 2016, a las 11:00 horas, en el Salón de Grados del Edificio A
Hacia una nueva era en la emisión y la detección de radiación de terahercios

Proyecciones del mejor cine de cortos con registro de la emoción y la atención

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Detectores monolíticos y sensores compatibles con altos campos magnéticos para tomografía por emisión de positrones

ANUNCIO DE DEFENSA DE TESIS DOCTORAL
Detectores monolíticos y sensores compatibles con altos campos magnéticos para tomografía por emisión de positrones
Presentada por: Dª Iciar Sarasola Martín
Dirigida por: D. José Manuel Pérez Morales y D. Andrés de Santos y Lleó
Detectores monolíticos y sensores compatibles con altos campos magnéticos para tomografía por emisión de positrones

ANUNCIO DE DEFENSA DE TESIS DOCTORAL
Detectores monolíticos y sensores compatibles con altos campos magnéticos para tomografía por emisión de positrones
Presentada por: Dª Iciar Sarasola Martín
Dirigida por: D. José Manuel Pérez Morales y D. Andrés de Santos y Lleó
El día a día en una ‘startup’ dedicada a la electrónica


Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI
La connectividad estructural del cerebro probablemente contiene los patrones específicos de especies e individuos que permitirán avances importantes en la comprensión del cerebro humano. Actualmente, la resonancia magnética de difusión se utiliza para obtener imágenes de la microestructura del tejido cerebral in-vivo, permitiendo delinear los caminos que llevan los principales fascículos de fibras nerviosas para conectar las diferentes áreas del cortex. La información de las trayectorias de los fascículos y las regiones conectadas por ellos se resumen en una representación de red denominada conectoma, y que es analizada utilizando teoría de grafos. Para extraer el conectoma utilizando datos de resonancia de difusión, es necesario una larga cadena de procesado que incluye mejora de señal, reconstrucción, segmentación, alineamiento, seguimiento de caminos de difusión, etc. A pesar del esfuerzo común dedicado a la definición de pipelines estandarizados para la extracción del conectoma, sigue siendo crucial la definición de protocolos de calidad para estos flujos de procesado. Esta definición está dificultada por la complejidad intrínseca de los flujos de procesado que se estudian y por la absoluta inexistencia de gold-standards (datos intrínsecamente correctos para los cuales se conoce el resultado esperado) definidos para datos de difusión. En esta tesis, se caracteriza el impacto en el flujo de procesamiento de la conectividad estructural de ciertas deformaciones geometricas típicamente presentes en los datos de difusión, a causa de la inhomogeneidad de la susceptibilidad magnética en el objeto de la imagen. Por ello, se propone un entorno de evaluación para permitir la comparación de las metodologías de corrección de dicho artefacto incluyendo fantomas de cerebro completo. Además, se diseña e implementa un método de segmentación y registro de imágenes que evita el proceso de corrección y permite el procesado de los datos de difusión en su espacio nativo. Con esta tesis se distribuye PySDCev, un entorno de evaluación para el control de calidad de las cadenas de procesado para la extracción del conectoma. PySDCev se suministra con especialización en el estudio de las distorsiones derivadas de la susceptibilidad. En este contexto se propone el Diffantom, un fantoma para resolver la ausencia de datos gold-standard. Los tres métodos de corrección que se han comparado utilizando PySDCev funcionaron razonablemente, siendo complicado determinar cuál de ellos es más recomendable. En esta tesis se demuestra que la corrección de las distorsiones es necesaria para mejorar la sensibilidad del flujo de procesado, pero hay un importante coste en términos de especificidad. Finalmente, con la herramienta de registrado y segmentación regseg se demuestra cómo el problema de la distorsión puede ser resuelto permitiendo que los datos sean procesados en las coordenadas originales de la imagen. Esto es crucial para poder incrementar la sensibilidad del flujo de procesamiento sin perdida de especificidad.
Pulmonary Artery-Vein Segmentation in Real and Synthetic CT Images
La tomografía axial computerizada (TAC) es la modalidad de imagen médica preferente para el estudio de enfermedades pulmonares y el análisis de su vasculatura. La segmentación general de vasos en pulmón ha sido abordada en profundidad a lo largo de los últimos años por la comunidad científica que trabaja en el campo de procesamiento de imagen; sin embargo, la diferenciación entre irrigaciones arterial y venosa es aún un problema abierto. De hecho, la separación automática de arterias y venas está considerado como uno de los grandes retos futuros del procesamiento de imágenes biomédicas. La segmentación arteria-vena (AV) permitiría el estudio de ambas irrigaciones por separado, lo cual tendría importantes consecuencias en diferentes escenarios médicos y múltiples enfermedades pulmonares o estados patológicos. Características como la densidad, geometría, topología y tamaño de los vasos sanguíneos podrían ser analizados en enfermedades que conllevan remodelación de la vasculatura pulmonar, haciendo incluso posible el descubrimiento de nuevos biomarcadores específicos que aún hoy en día permanecen ocultos. Esta diferenciación entre arterias y venas también podría ayudar a la mejora y el desarrollo de métodos de procesamiento de las distintas estructuras pulmonares. Sin embargo, el estudio del efecto de las enfermedades en los árboles arterial y venoso ha sido inviable hasta ahora a pesar de su indudable utilidad. La extrema complejidad de los árboles vasculares del pulmón hace inabordable una separación manual de ambas estructuras en un tiempo realista, fomentando aún más la necesidad de diseñar herramientas automáticas o semiautomáticas para tal objetivo. Pero la ausencia de casos correctamente segmentados y etiquetados conlleva múltiples limitaciones en el desarrollo de sistemas de separación AV, en los cuales son necesarias imágenes de referencia tanto para entrenar como para validar los algoritmos. Por ello, el diseño de imágenes sintéticas de TAC pulmonar podría superar estas dificultades ofreciendo la posibilidad de acceso a una base de datos de casos pseudoreales bajo un entorno restringido y controlado donde cada parte de la imagen (incluyendo arterias y venas) está unívocamente diferenciada. En esta Tesis Doctoral abordamos ambos problemas, los cuales están fuertemente interrelacionados. Primero se describe el diseño de una estrategia para generar, automáticamente, fantomas computacionales de TAC de pulmón en humanos. Partiendo de conocimientos ‘a priori’, tanto biológicos como de características de imagen de CT, acerca de la topología y relación entre las distintas estructuras pulmonares, el sistema desarrollado es capaz de generar vías aéreas, arterias y venas pulmonares sintéticas usando métodos de crecimiento iterativo, que posteriormente se unen para formar un pulmón simulado con características realistas. Estos casos sintéticos, junto a imágenes reales de TAC sin contraste, han sido usados en el desarrollo de un método completamente automático de segmentación/separación AV. La estrategia comprende una primera extracción genérica de vasos pulmonares usando partículas espacio-escala, y una posterior clasificación AV de tales partículas mediante el uso de Graph-Cuts (GC) basados en la similitud con arteria o vena (obtenida con algoritmos de aprendizaje automático) y la inclusión de información de conectividad entre partículas. La validación de los fantomas pulmonares se ha llevado a cabo mediante inspección visual y medidas cuantitativas relacionadas con las distribuciones de intensidad, dispersión de estructuras y relación entre arterias y vías aéreas, los cuales muestran una buena correspondencia entre los pulmones reales y los generados sintéticamente. La evaluación del algoritmo de segmentación AV está basada en distintas estrategias de comprobación de la exactitud en la clasificación de vasos, las cuales revelan una adecuada diferenciación entre arterias y venas tanto en los casos reales como en los sintéticos, abriendo así un amplio abanico de posibilidades en el estudio clínico de enfermedades cardiopulmonares y en el desarrollo de metodologías y nuevos algoritmos para el análisis de imágenes pulmonares.
Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI

ANUNCIO DE DEFENSA DE TESIS DOCTORAL
Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI
Presentada por: D. Òscar Esteban Sanz-Dranguet
Dirigida por: Dª Mª Jesús Ledesma Carbayo y D. Andrés de Santos y LLeó
Día 25 de Noviembre Salón de Grados del Edificio A
Pulmonary Artery-Vein Segmentation in Real and Synthetic CT Images

ANUNCIO DE LECTURA DE TESIS DOCTORAL
Pulmonary Artery-Vein Segmentation in Real and Synthetic CT Images
Presentada por : D. Daniel Jiménez Carretero
Dirigida por : Dª. Mª Jesús Ledesma Carbayo
DIA 23 de Noviembre a las 12 horas Salón de Actos del Edificio A